Supercomputersysteme unterstützen das IMBIE bei der Gemomforschung
Universität Bonn baut IBM-Hochleistungsrechner-Cluster aus
Das Institut für Medizinische Biometrie, Informatik und Epidemiologie (IMBIE), ein Institut des Universitätsklinikums Bonn, erforscht mithilfe eines HPC-Clusters das menschliche Genom. Das verwendete Hochleistungsrechner-Cluster basiert auf dem IBM System "X Blades".
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Das High Performance Computing Cluster des Instituts verfügt nun über drei IBM-Bladecenter mit insgesamt acht LS42-AMD-Blade-Servern und 26 HS22-Intel-Blade-Servern. Damit stehen dem Institut 1.800 GByte Hauptspeicher und 400 TByte Festplattenspeicher zur Verfügung. Laut IBM sind die Cluster besonders energieeffizient, platzsparend und hoch skalierbar. So können Anwender diese auf den benötigten Arbeitsumfang anpassen. 504 Prozessorkerne sorgen für die notwendige Leistungsfähigkeit des Systems. Die Prozessoren sind über ein Infiniband-Netzwerk miteinander verbunden, um eine verzögerungsarme Datenübertragung zu ermöglichen.
Den parallelen Zugriff auf Dateien ermöglicht das General-Parallel-File-System (GPFS), eine Lösung zur Hochleistungsdatenverwaltung. Durch GPFS kann das IMBIE den Datenspeicherplatz virtualisieren und somit voll ausschöpfen. Ein gleichzeitiger Zugriff auf mehrere Systeme und Anwendungen auf einen gemeinsamen Speicher soll die Kosten- und Energieeffizienz erhöhen, während der Verwaltungsaufwand sinkt.
Das Institut der Uniklinik Bonn setzt den Hochleistungsrechner für die Erforschung des menschlichen Genoms im Hinblick auf die Entstehung von genetischen Krankheiten ein. Prof. Dr. Max. P. Baur, Direktor des IMBIE, erklärt, dass Forscher mit dem Number Cruncher von IBM aus Sicht der IT einen guten Grundstein für die Durchführung ihrer Projekte gelegt haben, die große Daten- und Rechenkapazität fordern. Das Ziel der Forschung ist es, statistische Auffälligkeiten im menschlichen Genom verschiedenen Krankheitsbildern zuzuordnen, um in einem weiteren Schritt die Diagnostik und Behandlung für die Patienten zu optimieren und geeignete präventive Maßnahmen gegen das Auftreten der Krankheit zu erkennen, so Baur.
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